Se encuentra a unos 3 Km. del pueblo en dirección a Cornago, sobre la cima de un cerro. Sobre el inicio de la ermita podemos decir que en aquellos tiempos España estaba gorbernada en regiones y comarcas por señores, que la historia llama de horca y cuchillo. Señores dueños absolutos de vidas y haciendas, no reunían más autoridad que su conciencia, regían y gobernaban según voluntad. A sus súbditos prometían defender sus vidas y haciendas contra las amenazas de sus enemigos, que solían ser señores de otras comarcas.
Uno de éstos señores imperaba en ésta comarca, con su residencia y plaza fuerte en Cornago. Igea no existía todavía como pueblo, su jurisdicción era del señor de Cornago. Un día recorriendo éste señor sus inmensos terrenos, para conocer los puntos vulnerables por donde el enemigo le fuera más fácil atacarle, vio que el camino más corto y más asequible a Cornago era el valle formado por el río regajo y el montículo del Villar era un punto estratégico y céntrico, para poder ser refugio y habitación para los pastores y agricultores. Donde estamos mencionando, se edificó una casa amplia y en ella dedicó una dependencia, esto es, una capilla a la Santísima Virgen María, de aquí el nombre de VILLAR: Casa de campo, quinta.
Después de pasar la Virgen dos siglos escondida, la descubren unos pastores, entonces deciden hacer la ermita donde estaba enterrada y lo que por el día hacían por la noche se caía, en éstos días hubo una aparición sobre las ruinas de la casa que construyó el señor de Cornago y sobre éstas ruinas decidieron construir la ermita, es aquí donde está la ubicación actual.
El edificio es de mampostería y está rehecho casi al completo en el año 1789. El edificio alberga la iglesia dedicada a la virgen y la casa del santero, el primer santero conocido es Domingo Martínez de Inés, en el año 1603, los santeros de este siglo han sido dos: Pantaleón Jiménez (1890-1905) y Baldomero Jiménez (1905-1921), a partir de esta fecha ya no se habla de santeros si no de encargados, en los años 20 cobraban 12,5 ptas.
El enrejado fue hecho en 1876 por Alejandro Navas y costaron 2.000 reales, también hizo el balcón que da a la plaza, que servía de púlpito en antiguas predicaciones.
El retablo fue construido en 1909 por Julián Martínez, de molinos de Duero (Burgos) y costaron 3.000 reales. Allí se colocaron las imágenes de San Blas y San Isidro.
En la actualidad existe una asociación "Amigos de la Virgen del Villar" y han sido ellos los promotores de la restauración en 1997 y con subvención de la conserjería de Cultura han reparado todo el tejado, cambiando toda la estructura de maderas por vigas de hierro, reparación de las deficiencias de estructura de toda la estructura del edificio, cambiado el tejado y pintado de la iglesia, también han plantado varios arboles en la explanada trasera, el coste total ha sido de 12 millones. Debido a que el constructor que cogió la obra es un Igeano, éste hizo por su cuenta bastantes cosas más de las que figuraban en el proyecto.
Con la nueva restauración se mandó refundir a Saldana la única campana que tenía, ya que tenía una grieta en de arriba hasta abajo, ésta llevaba una inscripción que ponía " SOI DE SAN PEDRO MÁRTIR AÑO 1752". En la actualidad se han colocado tres campanas:
1ª 44 kgrs. de peso y con la tonalidad "RE"
2ª 53 kgrs. de peso y con una tonalidad "DO"
3ª 68 kgrs. de peso y con una tonalidad "LA"
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